/目录：目录树的根，用于保存系统的内核文件和系统启动文件，它所在的文件系统为根文件系统。
/dev目录：用于保存系统的设备文件，占用大致固定的硬盘空间，位于根文件系统中。
/etc目录：用于保存系统的配置文件，包括passwd,rc等非常重要的文件，也被放置到根文件系统中。
/bin和/sbin目录：保存了用于系统维护目的的执行文件，其中/sbin中的文件通常直接用于系统维护，/bin为提供管理员使用系统的基本工具。也必须放置在根文件系统上，在系统运行在单用户模式时，只有根文件系统安装到系统上时，就能够运行这些程序进行系统维护任务。
/tmp目录：用于存放程序运行产生的临时文件，这个目录也是每个用户都可写的，在系统启动时将自动清空这个目录。当系统运行较大型的服务程序时，会要求较大的/tmp空间，会超过根文件系统的空间，因此可以在其他文件系统中创建另一个临时文件目录，使用符号连接等方法进行维护。
/usr目录：用于保存系统正常运行时使用的多种文件，其中/usr/bin放置系统执行文件，/usr/sbin 放置系统维护程序，/usr/local放置非标准的应用程序，/usr/share放置系统中的文档和其他数据文件，/usr/src中放置系统的源代码，/usr/X11R6放置X Window系统、应用程序和数据文件。由于这些内容非常多，/usr目录通常为一个单独安装的文件系统，占用一个硬盘分区，称为usr文件系统。随着系统任务的增长，/usr目录中的内容也会迅速增多，还要考虑将其较大的子目录分离出来，例如/usr/local目录。
/var目录：用于保存系统运行时产生和使用的数据文件，例如/var/log目录用于放置系统日志，/va r/db/pkg目录用于放置系统软件包的安装记录。很多应用程序也使用它来放置数据文件，如news服务器等。这个目录下文件会随系统的运行而不断变化，其中的很多文件会不断增大，占用大量的磁盘空间。应该将这个目录分离出来，这样即使某个进程在这个目录下没有限制的产生数据文件，填充整个文件系统，也不会影响其他目录下的数据存储缬没г谧约耗柯悸的数据存储。由?var目录的大小会随着应用程序的需要改变，对于提供网络服务的服务器，/var占用磁盘分区应该大一些。
/home目录：使用它用于维护用户的个人目录，它的大小由用户数量及用户的活跃程度决定，也需要有足够的空间才能提供正常的服务。通常这个目录保存在usr文件系统中，而在根目录下使用连接来维护。当用户数量增加的很多的时候，应该让它位于一个单独的文件系统中。
这些目录开始就设计为保存不同的数据，而各个目录会使用不同的磁盘分区。习惯于DOS/Windows的使用者会不习惯这种使用多个文件系统的方式，而只使用一个文件系统，这种做法是不对的。多文件系统可以用于分隔不同的任务，分隔系统风险，增加可靠性，对于用作服务器的FreeBSD系统是必需的。
Unix的树状目录结构十分标准，哪类文件应该放置到那个目录中都有一定的习惯。当然在不同的Unix中，具体文件的位置也有细微的差别，事实上在Unix发展的过程中，标准目录树结构的也有几次较大的改动，但是基本结构是相同的。由于FreeBSD有统一的版本，所有的开发者都使用同一个源代码树，而且使用统一的Packages Collection 机制来维护应用软件，因此FreeBSD的目录结构更为整齐、干净。
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